Vildöknen är ett naturreservat i Östhammar kommun i Uppsala län. Det är ett relativt nytt naturreservat, skapat den 9 november 2012. Reservatet är förvaltat av Länsstyrelsen i Uppsala län och täcker en yta av 94 hektar, varav 92 hektar är land och 1 hektar är vatten.
Naturreservatet består främst av skog, med en yta på 89 hektar. Här finns både gammal barrskog och lövrik blandskog, med trädsorter som asp, björk, lind, ek, sälg, ask och lönn. De gamla träden i reservatet är livsviktiga för en rad sällsynta insekter, mossor och lavar. Döda träd utgör också ett viktigt livsmiljö för vedsvampar och insekter, vilket i sin tur ger en riklig mängd av fågelliv i reservatet.
Namnet "Vildöknen" kommer troligen från den svårtillgängliga terrängen i området. Under istiden lämnade inlandsisen blockrik morän efter sig, vilket gjorde att det fanns få odlingsbara fläckar i området. Torpare brukade dock utnyttja de få odlingsbara fläckar som fanns, men dessa har sedan dess återkoloniserats av skogen.
Trots att namnet antyder annat, så finns det inga ökenområden i Vildöknen. Från sjön Vällen sträcker sig reservatet västerut över ett område där skogen regerar. I reservatet finns också en informationstavla för besökare att läsa mer om områdets natur och historia.