Uggelholmarna är ett naturreservat beläget i kommunen Söderköping i Östergötlands län. Reservatet förvaltas av Länsstyrelsen i Östergötlands län och skapades den 7 januari 1997. Med en total storlek på 50 hektar består reservatet av 19 hektar landyta, 31 hektar vatten och 14 hektar skog.
Området består av två öar, Stora och Lilla Uggelholmen, med omgivande vatten och ligger i S:t Annas mellanskärgård. Öarna är mestadels skogbevuxna med tallskog på höglänta delar och mark med tunt jordtäcke. Död ved förekommer i stor utsträckning och en del tallar är mycket grova och uppskattningsvis 300 år gamla.
Ädellövskog dominerad av ek och lind finns också på öarna, särskilt på Stora Uggelholmen. Här och var finns riktigt gamla lindar, några med en ålder av 200-300 år. Lundområden som tidigare har utnyttjats som fodermarker (löväng) finns också på södra delen av Stora Uggelholmen. Dessa marker har en mycket rik flora med förekomst av till exempel blåsippa, buskstjärnblomma, liljekonvalj, svart trolldruva, underviol, tvåblad, vanlig nattviol, Adam och Eva med flera.
Reservatet har en värdefull moss- och lavflora och god tillgång på lämpliga substrat som ädellövträd, död ved, skuggade stenblock och gamla hamlade ädellövträd. Tio rödlistade lavarter och ytterligare ett tiotal signalarter har hittats på öarna. Insektslivet är också mycket rikt, bland annat har rödhalsad svartbagge och fjärilen jättesvampmal hittats. Dessa arter förekommer på fnösketickor på björkhögstubbar och lågor vilket visar att också björk representerar ett högt naturvärde på öarna. På ek har brun trädmyra iakttagits.
