Tåkern är en av Nordeuropas mest betydelsefulla fågelsjöar, med 278 fågelarter som har setts vid sjön hittills. Runt 130 fågelarter häckar i reservatet, inklusive skrattmås, brun kärrhök och trastsångare. Rariteter som svarttärna häckar också här.
Mellan 1842 och 1844 sänktes sjön för att vinna mer åkermark, vilket ledde till att vassar började breda ut sig runt sjön. Idag upptar vassarna ett område som motsvarar 2400 fotbollsplaner och är en viktig miljö för många arter, till exempel vassångare och skäggmes. Vattendjupet blev endast 0,8 meter, vilket är lagom djupt för solljuset att nå ner och skapa mattor av undervattensväxter där småkryp, snäckor och fiskar kan leva.
Tåkerns strandängar omfattar drygt 450 hektar och är kalkfuktängar med en mycket artrik flora. Här finns majvivor och flera orkidéer, till exempel flugblomster, ängsnycklar och honungsblomster. För att bevara strandängarnas mångfald och förhindra igenväxning betar cirka 800 djur vid sjön varje år, mestadels nötdjur, och cirka 25 hektar sköts med hjälp av slåtter.
Tåkern är en populär plats att besöka för både fåglar och människor, med vacker flora och fyra besöksområden med fågeltorn. Här kan man höra rördromens dova tutande och se många olika fågelarter, inklusive sällsynta. Tåkern är verkligen en pärla i Östergötlands län och en plats som alla naturälskare borde besöka.