Naturreservatet bjuder på en frodig och varierad gammelskog med en mängd olika miljöer och arter. Området lutar ner mot Lillpiteälven och Stor-Klockarträsket och en skogsbilväg går genom reservatets sydvästra del. Skogarna här har i stort sett varit orörda, förutom några träd som fälldes för hand under slutet av 1800-talet.
Skogen består av allt från torr tallskog till lövsumpskog, gransumpskog och våtmarker. Detta beror på att topografin och markförhållandena varierar vilket ger förutsättningar för olika typer av skog. Skogsklädda moränkullar varvas med blockrika marker, branter, sluttningar med rörligt markvatten och blöta sänkor. I området finns också många källor och små bäckar som i blockiga partier blir delvis underjordiska.
Markvegetationen i området är frodig och inkluderar växter som ormbär, tolta, skogsnäva, harsyra, majbräken och det väldoftande gräset hässlebrodd. De äldsta träden i området är upp emot 350 år gamla och många har skador i form av så kallade brandljud i barken från den senaste branden som daterats till år 1855. I området finns också gott om asp och vårtbjörk samt många sällsynta lavar och svampar.
Längs med Lillpiteälven finns smala, örtrika strandängar med tibast och harsyra. Både bäver och utter har setts i området, vilket gör det till en populär plats för fågelskådning och djurliv. Sammanfattningsvis är Stor-Klockarträsk ett fantastiskt naturreservat som bjuder på en rik biologisk mångfald och en varierad skogsmiljö.
