Landskapet runt Stor-Abborrtjärnen kännetecknas av skogklädda myrholmar och fast mark, vilket varvas med myrar och småsjöar. Den gamla tallskogen runt sjön är rak och högvuxen, vilket ger en vacker inramning åt sjön. De flesta av tallarna i skogen är 200-300 år, medan vissa av dem är upp emot 500 år gamla och har knotigare kronor.
På de mindre myrholmarna i området växer en urskogsliknande skog med gott om död ved som står och ligger överallt. På ett par mindre myrholmar i sydöstra delen av området finns en lågproduktiv tallsumpskog, där många av de senvuxna tallarna är 300-400 år gamla.
En intressant observation i området är att arten mindre märgborre har hittats på solbelysta gammeltallar. Det är en art som endast har hittats på ett tiotal platser i Norrbottens län. Mindre märgborre lämnar karaktäristiska spår efter sig på tallstammarna. Där larverna har krupit ser spåren ut som "flygande måsvingar" på barken.
Östra delen av området består av våtmarker med höga naturvärden. Sammanfattningsvis kan man säga att Stor-Abborrtjärnen är ett unikt naturreservat med en varierande miljö och höga naturvärden.
