Stenstugu skog är ett naturreservat beläget i Gotland, Gotlands Län. Reservatet är 57 hektar stort och innehåller endast landyta, varav 50 hektar utgörs av skog. Det skapades av Länsstyrelsen i Gotlands län den 4:e december 2007 och förvaltas av samma myndighet.
Besökare kan vandra på gamla stigar och körvägar genom den storslagna barrskogen som innehåller många kulturlämningar. Tidigare har skogen använts som betesmark och för uttag av enstaka träd till ved och husbehovsvirke. Numera betas skogen av får och har lämnats orörd under ganska många år, vilket har gjort att den har börjat utvecklas mot en naturskog.
I en naturskog finns det gott om gamla träd och rikligt med död ved i form av stående torrträd och vindfällda träd, så kallade lågor. Detta gynnar många olika skogslevande arter som svampar, lavar, fåglar och småkryp. Skogen innehåller många träd som är mellan 150 och 300 år gamla, inklusive åtskilliga grova, spärrgreniga tallar.
Reservatet har två anordningar för besökare, information och parkering. Det ligger drygt 2 kilometer nordost om Kräklingbo kyrka och utgör ett vackert exempel på en skog som inte påverkats av modernt skogsbruk utan bara nyttjats varsamt för att främja skogslevande arter.