Naturreservatet har en stor mångfald av arter knutna till ett öppet och brukat landskap och hela reservatet är att betrakta som ett biologiskt kulturarv. Här finns betade havsstrandängar, lövängar och hagmarker med gott om hamlade träd samt skogsbeten med lång beteskontinuitet och örtrik flora. Skogsbetena består av luckig, äldre och flerskiktad barrblandskog med omväxlande miljöer av hällmarker med martallar, örtrik grandominerad skog, sanka alpartier, öppna gläntor av före detta ängsmark samt strand mot havet.
Marken i Öster-Mörtarö är kalkrik och gynnsam för bland annat orkidéer. Vegetationen består av friska älväxingängar med många hamlade askar och även äldre hamlade björkar. Lövängen är mycket artrik och här växer bland annat älväxing, gullviva, rödkämpar, blåklockor, slåtterfibbla, kattfot, ormrot, jungfrulin och grönvit nattviol.
Reservatet har ännu inga anordningar, informationsskylt eller gränsmarkeringar, men är öppet för allmänheten att besöka. Området är en del av det småbrutna och ålderdomligt präglade jordbrukslandskap som ännu är levande på stora delar av Gräsö. Det historiska nyttjandet av området har skapat värdefulla naturmiljöer och en unik biologisk mångfald.
