Gräsö östra skärgård är ett naturreservat beläget i Östhammar kommun, Uppsala län. Naturreservatet förvaltas av Länsstyrelsen i Uppsala län och skapades den 24 januari 2013. Det är länets största naturreservat med en total yta på 54 785 hektar. Av denna yta utgör landyta 1456 hektar och vattenyta 53 328 hektar. Området består av grunda vikar, öar och öppna fjärdar med liten påverkan av människan.
Gräsö östra skärgård ligger i Södra Kvarken, sundet mellan Uppland och Åland. Området utgör en ekologisk gräns mellan Bottenhavet och Egentliga Östersjön. Det är ett ostört havsområde där naturen fortfarande är relativt opåverkad av den moderna människan.
Undervattensmiljön i området har en småskalig variation av exponeringsgrad och bottenförhållanden. Grundförhållandena och vattnets renhet gör att solljuset når bottnarna och produktionen är hög. Bland tången på exponerade rev och i de skyddade vikarna finns goda lek- och uppväxtområden för många fiskarter. Det finns även hotade arter av havsfågel som har goda numerär i området. Topprovdjur som havsörn och gråsäl har återhämtat sig väl efter nedgången på 1900-talet.
På öarna i området finns en stor rikedom på naturmiljöer. De inre öarna har rester av ett gammalt jordbrukslandskap med strandängar, hamlade träd och gläntig skog. Här finns goda förhållanden för sällsynta kärlväxter och blombesökande insekter. Längre ut i skärgården dominerar vindpinade hedar, hällmarker och små trädgrupper. I några av de större hällkaren finns den mycket sällsynta gölgrodan. På de yttersta skären domineras vegetationen av färgglada skorplavar.
Naturreservatet beslutades i februari 2012 för att bevara den ostörda miljön för framtida generationer. Föreskrifterna förhindrar storskaliga exploateringar och långsamt ökande bebyggelse. Områdets karaktär med grynnor och grund gör att sjöfart med såväl motorbåt som segelbåt kräver lokalkännedom. Detta gör att området inte är lämpligt för turism i större skala.
För den som vill besöka området rekommenderas att förbereda sig genom att kontakta lokala turistföretag eller turistbyrå. Det är viktigt att respektera djurlivet då det finns flera djurskyddsområden med landstigningsförbud.
