Sjön Muggträsket är omgivet av frodiga skogar och myrmark med spår av myrslåtter. Myrmarken har tidigare varit utsatt för slåtter och i stora delar av reservatet växer det frodigt av örter på marken och granskogen reser sig högt över vandraren.
En av de mest fascinerande platserna i reservatet är ett litet område där det enbart växer bladvass mitt i skogen. Det finns också sumpskog med gran och björk samt höga starrtuvor som tillsammans med björk- och videbuskar ibland bildar svårframkomliga snår.
Död ved finns i varierande grad i reservatet och där det ligger gott om stammar på marken kan man hitta vedsvamparna rosenticka och lappticka.
Muggträsk är en plats för naturälskare som vill utforska skogar, myrmark och sjöar i Norrbottens län.