Mölnermyr är ett naturreservat beläget i Gotlands län, närmare bestämt sydväst om Rute kyrka och norr om väg 148. Reservatet sträcker sig över en yta på hela 671 hektar och förvaltas av Länsstyrelsen i Gotlands län. Mölnermyr blev ett naturreservat den 3 april 2013 och utgör idag Gotlands största myr som inte påverkats av mänskligt arbete.
Reservatet är mycket varierat och omfattar inte bara våtmarker av olika slag utan även alvarmarker och gammal, betespräglad barrskog. Den östra delen av Mölnermyr, Mölnerbunkar, utgör kanske det vackraste rikkärret på Gotland och är ett av Gotlands största sammanhängande källmyrområden. Här kan man hitta en rad olika växtarter såsom halvgräset axag, brudsporre, luktsporre, kärrknipprot, sumpnycklar, ängsnycklar, kärrlilja och majviva. Brun ögontröst är också en av de vanligaste växtarterna i området.
Mölnermyr omges av alvarmarker av olika slag såsom hällmarker, grusalvar och vätar. På hällmarkerna kan man hitta omfattande spricksystem i form av karster och i reservatet finns flera slukhål. På grusalvaren bildas ibland vackert utbildade uppfrysningsfenomen i form av sexkantiga polygoner, så kallad polygonmark.
En stor del av reservatet utgörs av skog, där tall dominerar men där det också finns inslag av gran, ek och oxel. Skogen är betespräglad och har gett förutsättningar för ett tätare och mer högvuxet trädskikt. Totalt utgör skogen 308 hektar av reservatets yta.
I Mölnermyr finns en anordning för information så att besökare kan lära sig mer om områdets flora, fauna och geologi. Mölnermyr är en unik naturmiljö som är väl värd ett besök för den som är intresserad av Gotlands rika natur.