Holmskaten är ett utmärkt exempel på äldre kalkbarrskog vid landhöjningskust. Kombinationen av landhöjning och kalkrik morän är unik för Norra Uppland och har satt tydliga spår i växtligheten. När man går längs stigarna i de gamla barrskogarna som är cirka 150 år gamla, kan man upptäcka många rariteter. Här trivs kalkgynnade svampar som odörspindling och fyrflikig jordstjärna i rikliga bestånd, och på försommaren blommar guckuskon i stora mängder. Andra orkidéer som tvåblad och nästrot kan också hittas i reservatet.
I några av reservatets äldre delar finns det gott om död ved. Flera av de rödlistade arter som finns här idag är knutna till död ved och lågor. Skogens luckiga struktur och rester efter gamla trägärdesgårdar vittnar om att skogen tidigare varit mycket gles på grund av plockhuggning och bete. Sedan det upphört har skogen slutit sig till en skuggig miljö. För att återskapa den gamla karaktären och gynna guckusko och ljuskrävande träd kommer skogen i reservatet återigen att skötas med försiktig plockhuggning.
Holmskaten är ett viktigt område för bevarande av den biologiska mångfalden och förvaltas av Länsstyrelsen i Uppsala län. Reservatet är öppet för allmänheten och en populär plats för naturvandringar och fågelskådning.
