Naturreservatet har mäktiga bergsformationer längs Hogdalsnäsets västsida. Högsta punkten ligger på 120 meter över havet och berget stupar brant ned i Singlefjordens djupränna. Halle-Vagnaren är känt för att ha en av de mest urskogsliknande tallskogarna längs Bohuskusten. Tallarna har anpassat sig till kustklimatets salt- och vindpåverkan, vilket har resulterat i många träd som är utformade som extrema vrestallar.
Berggrunden i området utgörs av bohusgranit som har slipats och rundats av inlandsisen. Tydliga minnesmärken efter istiden som isräfflor och jättegrytor syns på många ställen. Vegetationen på Halle-Vagnarens höjdpartier utgörs framför allt av hällmarkstallskog. Trädåldrar på över 300 år har uppmätts hos både granar och tallar. Skogen har närmast karaktären av tallurskog och är nästan orörd. Sluttningen mot Vagnsjö och söder därom har en annorlunda vegetation med lövinslag och flera mindre vanliga arter som lundslok, skogssvingel och trolldruva.
Halle-Vagnaren är också hem för många fåglar som berguv, spillkråka och trädlärka som häckar i området eller regelbundet påträffas där. Dock är naturreservatet inte särskilt lättillgängligt, men besökaren belönas med spännande natur och hänförande utsikter från toppen.
I den skarpa dalgången från Vagnsjö västerut till Singlefjorden finns kulturhistoriskt intressanta rester av en transportanläggning, i form av en ränna avsedd för is till kylning inom bl.a. fiskindustrin.
