Reservatet består av sju delområden som representerar de mest skyddsvärda miljöerna i skärgården. En vanlig syn i Gryts skärgård är hällmarkstallskog med gamla knotiga träd. Gryts skärgård har varit befolkad i århundraden och huvudsakligen sysslat med jakt, fiske och jordbruk. Sedan 1960-talet har antalet bofasta minskat, men under senare år har trenden brutits och intresset för denna boendemiljö ökat.
På de yttersta skären finns oftast ett tunnare jordtäcke eller är helt renskrapade så att berggrunden av gnejs och granit blottas. På större öar eller där jord har lagras i skrevor och sänkor finns skog, skogsbeten och betesmarker. Betet har bidragit till en artrik flora och andra värden. I reservatets yttersta delar i öster finns buskrika eller kala småskär som ofta har en rik fågelfauna och särskild flora. Inventeringar och dokumentation av vattenmiljön har visat att det finns höga skyddsvärden under ytan.
Den biologiska mångfalden i Gryts skärgård är hotad av fritidsbåtar, fritidsbebyggelse och större skogsavverkningar. Även upphört bete och slåtter till följd av att skärgårdens jordbruksföretag läggs ner hotar den. Luft- och vattenföroreningar är andra hot som kan påverka skärgårdens natur. I Gryts naturreservat finns anordningar som utsiktspunkter, dass och eldstäder för besökare att nyttja.