Bland de sällsynta lavarterna som finns i Flenstorp kan nämnas västlig gytterlav, som endast är känd från ett fåtal lokaler i hela landet. Blylav är en annan raritet som finns i området. Andra lavarter som förekommer i Flenstorpskogen är grynlav conoplea, ädellav, pulverädellav och kvistskivlav. En intressant art är kvistskivlav, som växer på gammalt, fuktigt blåbärsris. Dessutom finns lunglav och skrovellav i reservatet. Flenstorp är ett viktigt område för bevarandet av sällsynta lavarter och deras livsmiljö.
