Fäbodmossen är ett naturreservat som ligger i Uppsala kommun i Uppsala län. Reservatet, som förvaltas av Länsstyrelsen i Uppsala län, skapades den 19/04/2001 och har en storlek på 151 hektar. Av dessa utgörs 89 hektar av skog och resten utgörs av landyta.
I reservatet finns anordningar som information och parkering. Besökare kan följa i Linnés spår längs en av Linnéstigarna som löper genom norra delen av reservatet. Här växer flerhundraåriga tallar på upp till 300 år och det är som om tiden stått stilla.
Fäbodmossen består dels av ett myrkomplex med våtmarker av olika slag och dels av barrskog. Våtmarken har aldrig blivit utdikad, vilket gör att den biologiska mångfalden är ovanligt stor. På gamla kartor kan man se att myrmarken slåttrades på 1800-talet och namnet Fäbodmossen antyder att det funnits fäbodar i området.
En mängd döda granar står i reservatet på grund av den torra sommaren 2018 och angrepp av granbarkborre. Det finns en stor risk att döda granar faller och besökare avråds från att besöka området vid blåsigt väder.
Carl von Linné och hans lärjungar gjorde regelbundna exkursioner till trakten i mitten av 1700-talet. Säkerligen botaniserade de i Fäbodmossen. Mellan reservaten Fäbodmossen och Styggkärret ligger Studentvilan där Linné och hans följeslagare rastade under tallarna. Namnet levde sedan vidare i den muntliga traditionen i trakten.
Besökare kan uppleva riktig vildmark bara två mil från Uppsalas centrum. På sensommaren finns gott om blåbär i skogen, men det är viktigt att lämna ödemarken lika öde som när man kom.